Музей организован по инициативе начальника Главного управления здравоохранения Омской области В.К.Стороженко.

Первым директором музея был В.А.Дудкин. В музее собраны материалы, касающееся истории здравоохранения Омской области, начиная с XVIII века.

В коллекцию музея входит более чем две тысячи предметов, семьсот семьдесят шесть предметов коллекции представлены в экспозиции и входят в основные фонды музея. Музей истории здравоохранения Омской области работает в форме некоммерческого учреждения исторической специализации, то есть не имеет в качестве основной цели своей деятельности извлечение прибыли и не распределяет полученную прибыль между участниками.